清朝的两江总督，通常被认为是仅次于直隶总督，坐稳疆臣第二把交椅的要员。其本官加兵部尚书衔，兼都察院右都御史衔，是从一品的封疆大吏。
清朝的两江，即江南和江西的合称，康熙年间，原江南省被拆分为江苏和安徽省，到了现代，江苏省又分出了上海直辖市。所以两江，就是今天的江苏、江西、安徽和上海市这三省一市之地。
坐镇江宁（南京）的两江总督，理论上管辖江苏、江西、安徽三个省的军政大权， 但不同于其他总督，两江官制经过一番别出心裁的设置，彼此互相牵制和制衡。要作为总督的官员个人有足够能力和威望，才真正抓得住权。
如湖北巡抚和湖广总督的驻地都在武昌，广东巡抚和两广总督的驻地都在广州，云南巡抚和云贵总督的驻地都在昆明，正所谓“督抚同城”，实际上这种和总督同城的巡抚，都是总督的直接下属。
而江苏巡抚驻地却在苏州，并不受驻江宁（南京）的两江总督管辖，直接掌控苏南各府军政大权。 所以若是皇帝更宠信的苏抚，完全可以不理会江宁的总督。而天高地远的安徽巡抚、江西巡抚更不用说，两江总督对他们的节制，也就是个名义。
甚至管理江苏、安徽两省绿营兵的江南提督，也并不驻节江宁，而在松江府，同样与其他各省提督驻节省城，受督抚节制大不相同。
所以若是皇帝宠臣担任的两江总督，本身又有能力与威望，方可以名副其实压制三省巡抚与江南提督，成为军民兼管的三省之主，如镇压太平天国运动时期的曾国藩，否则就仅仅是个政令只行于苏北、苏中各府与江宁一城的地方民政官罢了。
清代二百余年，最有名的两江总督，莫过于曾国藩。他刚刚镇压太平天国之后，封“两江总督，并以钦差大臣奉旨督办四省（苏、皖、浙、赣）军务，其巡抚、提镇以下悉归节制” ，有二十万湘军为辅翼，真正在苏、皖、浙、赣四省说一不二的藩镇，几类于裂土封王了。 并获得世袭罔替的一等侯爵位，并加首席大学士头衔，被称为元辅，虽然他的本官还是两江总督，却已是无可争议的当朝第一大臣，远非其他任何总督、朝官可比。
只是曾国藩年事已高，加上嫡系子孙也无帝王才，长子曾纪泽本是一介书生，即使起事成功，也不过是给自己的弟弟曾国荃，或者是李鸿章作嫁衣，才宁可自减羽翼，裁撤湘军，效忠清朝到底，以全一时令名。岂料还是终究难得满清皇室信任，被慈禧巧借天津教案，轻轻松松毁其一世英名，沦为举国皆唾骂之“汉奸”。
